Причина:

налоговая заподозрила вашу компанию в уклонении от уплаты налогов;
в отношении компании уже был проведен предпроверочный анализ (сбор и обобщение информации о налогоплательщике).

Основания для выездной налоговой проверки:

подозрительные суммы вычетов по НДС;
убыточность в течение нескольких налоговых периодов (2 и более календарных лет подряд); рассматриваются как налоговые, так и бухгалтерские отчётности;
молчание в ответ на запросы ИФНС;
низкая заработная плата сотрудников (ниже среднеотраслевого);
показатели рентабельности и налоговой нагрузки отличаются от средних по хозяйствующим субъектам в конкретной отрасли;
опережающий темп роста расходов над темпом роста доходов;
введение финансово-хозяйственной деятельности с высоким налоговым риском;
неоднократная "миграция" налогоплательщика между налоговыми органами;
введение хозяйственной деятельности с высоким налоговым риском и т.д.

Что делать?

выстроить тактику защиты интересов компании;
сформировать доказательную базу;
проконсультировать и подготовить сотрудников вашей компании к допросу;
проверить полноту и правильность необходимых документов;
обеспечить сохранность документов и электронных носителей.

Возможные процедуры:

осмотр (ст.91, 92 НК РФ)
выемка (ст.94 НК РФ)
инвентаризация (п.13 ст. 89 НК РФ)
допрос (ст. 90 НК РФ)
экспертиза (ст.95 НК РФ)
вызов в качестве свидетеля (ст.90 НК РФ)
истребование документов/информации (ст.93, 93.1 НК РФ)
получение экспертного заключения (ст. 95 НК РФ)
привлечение переводчика (ст. 97 НК РФ)